26 novembre 2010

Promotion du site http://blog.mrbioinfo.com

Je vais faire une petite interview de MrBioinfo qui tient le site internet http://blog.mrbioinfo.com

Fatiha : Présentes-nous un peu ton site. Quels sont les thèmes abordés ?

MrBioinfo: C'est un blog qui me permet d'entrer en contact plus facilement avec les utilisateurs de mes packages. Et je mets aussi en ligne quelques uns de mes scripts/bidouilles (qui fonctionnent !).

Fatiha : Quels sont les utilisations possibles de tes packages ?

MrBioinfo: Mes packages sont des programmes ou groupes de fonctions pour le logiciel R qui est un logiciel libre d'analyse statistique.

Fatiha : Donnes-moi un exemple de package présenté sur ton site

MrBioinfo: Le package eVenn tout beau tout neuf permet de comparer des listes par diagrammes de Venn. Les techniques d'analyses haut débit comme l'analyse protéomique, transcriptomique, miRNA... produisent de grandes listes de gènes, protéines, etc... Et on est souvent amené à comparer deux, trois, quatre listes ensembles (et même plus avec eVenn !) pour connaitre leurs parties communes ou spécifiques.

http://cran.r-project.org/web/checks/check_results_eVenn.html

La nouvelle version est déjà dispo pour presque toutes les configurations, et elle date d'hier... C'est du libre et ils sont super efficace.

Fatiha : Peux-tu nous donner un cas pratique d'utilisation ?

MrBioinfo: Par exemple quand on étudie la réponse de patients à un traitement on compare les niveaux l'expression de l'ensemble de leurs gènes par rapport à des patients non traités ou des personnes saines. On doit le faire à plusieurs temps pour avoir une cinétique de l'action du médicament... On a donc une longue liste de gènes modulés pour chaque temps

Pour savoir par exemple quels gènes sont spécifiques de chaque temps, ou lesquels sont modulés tout le temps et dans quel sens (activé ou réprimé) il faut comparer les listes en gardant les informations de régulation.

Fatiha : Revenons maintenant au package eVenn, quelle est la valeur ajoutée de ce package ?

MrBioinfo: J’avais besoin de comparer très vite (sans trop attendre…) de très longues listes, les équivalents dans d’autres packages ne sont pas optimisés pour ça. Et j’ai aussi ajouté des options très utiles avec des couleurs et de jolis graphiques ! Notamment la sortie graphique jusqu'à 4 listes, on appelle ce type de graphique un diagramme de Venn.

Fatiha : tu veux dire qu'en plus de l'informatique, de la bio, tu dois avoir des notions de statistiques voire de mathématiques ?

MrBioinfo: Non je ne pense pas que ce soit nécessaire, par contre il faut connaitre quelques bases de programmation R… et accessoirement avoir besoin de comparer des listes.

Fatiha : comment peut-on donc savoir quel est le type de modèle à appliquer ?

MrBioinfo: Mr Wikipedia nous dit « Les diagrammes d'Euler, de Venn et de Carroll sont des schémas géométriques utilisés pour représenter des relations logico-mathématiques. Créés pour visualiser la structure logique des syllogismes, ils sont couramment utilisés pour l'étude des relations entre ensembles. ». C'est une représentation très classique de comparaison de groupes. Ca donne un résultat graphique facile à interpréter avec des couleurs, des chiffres, le top.

Fatiha : Très bien, je te remercie pour cette précision, maintenant parles-nous un peu de R

MrBioinfo: R est un logiciel libre qui vit grâce à une communauté de programmeurs et utilisateurs. On y contribue en faisant des packages, donc tout est un peu facilité. Il y a même un package pour faciliter la création d'un package ! Ils ont pensé à tout... Ce n’est pas très compliqué.

Il faut d'abord programmer une fonction, la charger en mémoire dans le logiciel, utiliser le package de création de "squelette" de package, qui va créer les dossiers du futur package et créer les fichiers qu'il faudra ensuite compléter. Un package R tout simple c'est juste un fichier de code et des documents de description et d'aide, on peut bien sûr faire des projets plus poussés, on peut y intégrer du code, etc...mais là c’est plus compliqué.

Une fois le package terminé il faut l’uploader sur un serveur ou il sera testé sur un panel de systèmes (Linux, Windows, MacOS…) et mis en ligne.

Le langage R est très accessible. Il ya des forums et pas mal de docs, même en français, on peut vraiment faire toutes sortes de stats, math, graphiques et autres bidouilles....

Fatiha : quelle est donc la finalité de ce logiciel?

MrBioinfo: R est un logiciel libre ce qui implique que l'on peut l'utiliser totalement librement et participer au développement sans aucune contrainte de licence. Chacun est libre d'apporter sa participation, c'est pour ça qu'il y a de plus en plus de packages R qui touchent tous les domaines, on trouve presque toujours un package R soit directement utilisable soit adaptable a son besoin.

Avec eVenn je propose une alternative, plus performante et avec des options qui m'ont manqué dans les autres packages.

Fatiha : Je te remercie d'avoir répondu à mes questions MrBioinfo.

MrBioinfo: Mais tous le plaisir était pour moi !

Posté par fatihaelh à 22:05 - Bioinformatique - Commentaires [4] - Permalien [#]

Commentaires

    cloudcomputing

    Hello!

    Je viens juste de découvrir une entreprise qui offre des services calculs de hautes performances pour des applications R - cloudnumbers.com. J'ai déjà utilisé leur interface et j'ai été très satisfait.

    Je suis actuellement en train de faire une recherche pour ma thèse de master où je dois effectuer un modélisation de population. Leur service m'est d'une grande utilité. Il font actuellement une offre qui me permet de bénéficier de 5 heures d'utilisations gratuites pour chaque inscription fait sur ce lien: https://my.cloudnumbers.com/register/7308CF.
    Je vous serai reconnaissant de vous inscrire sur le lien suivant afin que je puisse profiter d'heure gratuite.

    Posté par Sonia, 11 juillet 2011
  • Pas top ! :(

    Je ne le trouve pas aisé du tout à utiliser ... même si l'on possède quelques notions en R. La doc est minimaliste et je ne trouve personne à qui m'adresser pour avoir de l'aide ... bref je fini par laisser tomber !

    Posté par Shinei, 07 juin 2012
  • Je transmets votre commentaire.

    Bonjour,

    Je transmets votre commentaire au principal intéressé.

    Fatiha

    Posté par Fatiha, 11 juin 2012
  • RTFM !

    @Shinei: Pour trouver quelqu'un à qui s'adresser il suffit justement de lire cette doc minimaliste.
    >help(evenn), mon mail est en bas de page !

    Posté par MrBioinfo, 11 juin 2012

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